Важно чтобы баннеры грузились до того, как пользователь увидит их. Например, если вы размещаете баннеры вверху страницы и используете таблицы, то, необходимо, чтобы баннеры были в отдельной таблице. Т.к. она будет показана сразу после ее загрузки, пока основная таблица с содержимым страницы будет загружаться.

Если вы не используете таблицы или не можете поместить баннер в отдельную таблицу, то размещение баннеров в самом верху страниц даст негативный эффект т.к. пользователь начнет просматривать страницу, в то время как баннер будет загружаться. Его взгляд уйдет ниже по странице быстрей, чем загрузится баннер и он даже не увидит его. В таком случае лучше всего расположить баннеры непосредственно в тексте страниц.

Часто можно добиться очень хорошего CTR от главной страницы. Посмотрите ее CTR по статистике ("Ваши Сайты"/"Статистика посещений"/"Перейти к подробной статистике"/"Статистика по списку Refererr'ов") и поэкспериментируйте с расположением баннеров.

Если предыдущие советы не принесли требуемого эффекта то, стоит еще раз присмотреться к статистике. В ней вы увидите, какими именно страницами стоит заняться.